医学院前身是创办于1951年的衢州卫生学校，现设有护理（含中外合作办学、老年护理、母婴护理、康复护理）、助产、中药学、针灸推拿和中医学5个专业，形成较为完善的中医药康养专业群。专业群是浙江省第一期高水平专业群，并以优秀等级通过验收，2025年入选浙江省第二期高水平专业群建设行列。获国家教学成果二等奖、中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛金奖等国家级成果31项，主持国家在线精品课程、国家教学资源库2个，省级在线精品课程、一流核心课程等9门，“十四五”国家规划教材等省级以上教材14本。

护理专业与嘉兴大学合作开展“3+2”本科生培养，为浙江省高职高专院校特色专业、优势专业，2019年被教育部认定为国家级骨干专业，成功入选教育部首批“1+X”老年照护证书试点；助产专业为学校品牌专业，浙江省“十三五”特色专业，入选教育部第二批“1+X”母婴照护证书试点。针灸推拿和中医学专业为国家控制的高职（专科）专业。

医学院现有教职员工93名，其中教授7名，副教授等副高职称教师24名，硕士及以上学位75名（其中博士学位10）。入选省教师教学创新团队2支，有省级专业带头人1名、省“151”第二层次人才1名，市“新115”人才2名，多名教师获得省技术能手、省青年岗位能手、省高校教学名师、省教坛新秀、省高校“三育人”先进个人、省优秀共产党员、省师德先进个人和省高校优秀辅导员等荣誉。

医学院现有全日制在校生1657人，各专业近三年报到率均在98%以上，当年一次性去向落实率在98%以上。学生在全国和省级护理职业技能大赛、中药传统技能大赛、全国针灸推拿临床技能大赛、浙江省职业生涯规划和创新创业大赛中屡获佳绩，毕业生在社会上享有较高的声誉，深受用人单位欢迎。

医学实训中心建筑面积近17000平方米，建有护理（老年护理）、助产（母婴护理）、中药学、中医学（针灸推拿）、4个实训基地和OSCE考试中心，附属医院2家（衢州职业技术学院附属市中医医院、附属市第二人民医院），绿康医养产业学院1个。“四省边际中心城市大健康公共实训中心”获批2019-2020年度浙江省产教融合工程项目，建有首批“科创中国”创新基地，全国智慧康养示范性虚仿基地，成立全国针灸推拿行业产教融合共同体。护理实训基地为浙江省首批合格实训基地、省高职高专院校首批示范性实训基地和国家级生产性实训基地，母婴护理实训基地被认定为衢州市高技能人才公共实训基地，针灸推拿实训基地为世界针灸学会联合会浙闽赣皖针灸技能培训中心、中国针灸学会科普教育基地。

医学院积极拓展基地的社会服务职能，与政府和企事业单位共建共享中国针灸学会衢州科技创新服务站、浙江省示范性职工培训基地、浙江省首批认知障碍培训基地、浙江省孤残儿童护理员培训基地等省级培训基地、衢州市红十字会现场救护培训基地、衢州市养老护理教育培训基地等。依托基地面向社会开展养老护理员、育婴师、月嫂、高级家政人员等各类培训，年培训人员近10000人，得到社会各界广泛赞誉。